Некоторые вирусы для своего распространения используют ошибки в программах установленных пользователем. Возможны ситуации, когда заражение компьютера происходит только лишь при посещении страницы в интернете со специально подготовленной flash-вставкой или при чтении документа pdf. Производители программного обеспечения (ПО), при обнаружении уязвимости в своих программах, выпускают обновления безопасности. Своевременная установка таких обновлений позволяет защитить компьютер от некоторых вирусов.

ПО компании Microsoft (в том числе MS Office) можно обновлять бесплатно с сервера обновлений ПГУ. 

Следующий программы доступны на внутреннем файл-сервере.

Графические программы:

• Blender — свободный пакет для создания трёхмерной компьютерной графики (зеркало)
• GIMP — растровый графический редактор (зеркало)
• Inkscape — векторный графический редактор

Интернет:

• Mozzila Firefox — свободный браузер (зеркало)
• Adobe Flash Player — полный установщик (не требует подключения к Интернету)
• Filezilla — свободный FTP/SFTP-клиент
• Mozzila Thunderbird — свободная почтовая программа (зеркало)
• Pidgin — клиент мгновенного обмена сообщениями

Мультимедиа:

• Audacity — свободный аудиоредактор
• Media Player Classic — свободный проигрыватель аудио- и видеофайлов
• VLC — свободный кроссплатформенный медиаплеер (зеркало)
• K-Lite Codec Pack — универсальный набор кодеков

Офис:

• LibreOffice — свободный независимый офисный пакет (зеркало)
• OpenOffice — свободный пакет офисных приложений
• Notepad++ — свободный текстовый редактор (зеркало)
• Adobe Reader — полный установщик (не требует подключения к Интернету)

Программирование:

• fpc — Free Pascal Compiler
• Lazarus — Free Pascal IDE
• Mercurial (Hg) — кроссплатформенная распределенная система управления версиями
• Netbeans —  свободная интегрированная среда разработки приложений на языках программирования Java, Python, PHP, JavaScript, C, C++ и др.
• Qt — инструментарий разработки ПО на языке программирования C++ (зеркало, репозиторий обновлений)

Другое:

• 7-zip — свободный файловый архиватор с высокой степенью сжатия данных.
• VirtualBox — программный продукт виртуализации от Oracle.
• Wireshark — программа-анализатор трафика для компьютерных сетей

Остальные программы следует обновлять через интернет с сайтов разработчиков. 

Особое внимание следует обратить на обновление программ обеспечивающих работу в интернете, таких как браузеры (opera, firefox, chrome), плагин adobe flash и программы чтения документов pdf - adobe reader.